2008-04-22

Programbyte

Jag har bestämt mig för att byta program här på UT. Eftersom min forskning mest är tillämpad matematik i alla fall kommer jag till hösten byta från doktorandprogrammet i matematik till doktorandprogrammet i tillämpad matematik, om allt går bra. Det borde inte vara några problem med att transferera -- alla mina rekommendationsbrev kommer från professorer från Institutet för Datalogi och Tillämpad Matematik här vid UT, och ett av dem skriver jag själv ... Men vi får se. Jag är mäkta sen med min ansökan dessvärre. Nu måste jag bara få ihop ett statement of purpose, och samla ihop alla andra papper jag behöver för ansökan. Hyena mig. Jaja. Får se vad som händer.

2008-04-13

Slumpvisa promenader

Forskning går långsamt och är trixigt, visar det sig. Jag har den sista månaden testat ett stort antal olika sätt att angripa mina data på, och inget har gett något intressant resultat. Beror det på att det inte finns något att hitta i dessa data, eller på att jag har ställt fel frågor? Det vet man inte. Men jag har kommit på mer och mer saker som har varit fel med mina tidagare frågor, och hittat mer och mer fel med mina metoder, så även om mina data är innehållslösa så betyder det inte att mina metoder fungerar. Det känns ibland som om jag rumlar runt slumpmässigt i mina idéers och metoders värld.

Vilket osökt leder mig till att tänka på min senaste angreppsmetod: slumpgång i genomet. Det finns en grupp av algoritmer som kallas Markov Chain Monte Carlo-metoder, som går ut på att man gissar en massa gånger vad ens rätta svar är, och varje gissning beror på ens tidigare gissning. Om man till exempel ska försöka reda vilka Nisses bästa vänner som känner honom bäst är kan man till att börja med gissa en bunt med människor som man tror är kompisar med Nisse. Dessa människor kan sen säga dig vilka de tror är Nisses vänner, och utifrån dessa rekommendationer slumpar du sen fram en ny grupp med människor (som kan överlappa med den förra gruppen). Sen frågar du den nya gruppen människor vilka Nisses bästa vänner är, och drar en ny grupp baserad på deras åsikter, osv. Om du efter ett tag får en bunt med människor som verkligen är bra kompisar med Nisse kommer de naturligtvis ge dig väldigt bra information om vilka som är Nisses kompisar, så det är mycket högre chans att du väljer dem i nästa steg också, så till slut kommer du stå där med samma grupp av Nisses polare hela tiden.

Jag tänkte göra samma sak, fast med gener istället. Vi får se hur det går, det är lite trixigt att formulera problemet rätt.

2008-04-04

Mitt hus, min bil.

Google har just lagt till Austin till de städer i vilka man kan se Streetview. Det betyder att om man klickar går till Google maps, klickar på Streetview och sen tittar runt lite kan man se mitt hus och min bil. Närmare bestämt, om man går tre steg norr från länken nedan, och sen svänger åt höger. Min bil är den rödbruna Hondan, huset jag bor i är det som är bakom min bil och är täckt i skyddsplast på bilden.

View Larger Map

Coolt va?

2008-04-03

Puckad axel

Jag gick till gymet för några veckor sedan och var (för en gångs skull) dum nog att inte värma upp och stretcha innan, och naturligtvis så gjorde jag illa mig. Den här gången drog jag en sena i axeln. Efter att ha hoppats att det ska bli bra spontant i några veckor så kröp jag nu till korset och gick till doktorn, och hon gav mig en bunt med övningar och sa åt mig att ta ibuprofen två gånger om dagen i tio dagar. Vi får se om det blir bättre -- jag är utled på att inte kunna gymma ordentligt.

Hursomhelst. Preliminära testkörningar indikerar att ömsesidig information, eller mutual information som det heter på engelska, kanske är rätt sätt att attackera mitt nuvarande forskningsproblem. Det är, lite löst, ett mått på hur mycket olika gener interagerar med varandra, och om man tittar på den trevägs ömsesidiga information (eller synergi som det också kallas) som jag sysslar med kan man tänka på det som hur mycket extra ett par med gener styr en tredje gens uttryck, utöver hur mycket de styr den var och en för sig.