Vad är gener?

Jag har aldrig tidigare riktigt förstått mig på vad gener är för något. Enligt Wikipedia är en gen en enhet för information om ärftliga egenskaper, i allmänhet ett recept på ett protein skrivet med aminosyror. Inom biologi pratar man ofta även om Open Reading Frames (ORFs), som är strängar med aminosyror som börjar med en start-signal och slutar med ett stopp. De flesta ORFs kodar för ett visst protein, och borde därför vara detsamma som gener tyckte jag, eftersom gener tydligen ska vara den genetiska koden för ett protein. I viss mån är detta ett perspektiv som stämmer väl med det perspektiv många biologer har, förutom att man i sin definition av gen ibland inkluderar lite av krimskramset omkring ORFen, till exempel promotorsekvenser, som styr när och hur produktionen av proteinen går igång. Efter att ha läst några pek som Marcotte gav mig har jag dock börjat tvivla på att det paradigmet för gener är det bästa.

Marcottes pek pratar om nätverk av proteiner (dvs gener i någon mening, eftersom gener på något sätt är den abstraktion eller kod som ligger bakom proteiner), vilket jag babblat på om några gånger nu. Nätverket är ett probabilistiskt nätverk; det säger aldrig huruvida det är sant eller falskt att två proteiner verkar tillsammans. Istället ger det en sannolikhet för att dessa två proteiner samverkar, baserat på en samvägning av mängder av olika mätningar. Eftersom proteiner i olika organismer är besläktade med varandra, och vi kan uppskatta sannolikheten att två proteiner är besläktade genom att jämföra den genetiska kod som ger upphov till dem, kan vi översätta ett nätverk i en organism för att få ett nätverk i en annan, där tillförlitligheten i det nya nätverket beror på tillförlitligheten i det gamla och på hur nära besläktade organismerna är. Detta probabilistiska perspektiv på proteinlänkar tror jag även ger det bästa sättet att tolka gener på. Gener ska inte ses som konkreta strängar med data -- för det är ORFs ett bättre koncept -- utan ska i stället ses som abstraktioner på någon nivå för en typ av protein i cellen. Olika konkreta kodningar, ORFar och promotorregioner, är olika realisationer av gener, och en given gen ger olika realisationer med olika sannolikhet. En given gen kommer således ha olika realisationer i olika individer, på grund av mutationer etc, och även (ännu mer) olika realisationer i olika typer av organismer.

Jag har ingen aning om huruvida detta perspektiv är gammalt och grått i genetikernas värld, eller helt stick i stäv med gängse konventioner, eller ens om det är ett produktivt perspektiv i allmänhet, men det har i alla fall hjälpt mig att bättre förstå lite biologipek som jag skummat sista tiden. Det verkar som att det verkligen hjälper att ta någon typ av Platonskt grotta-perspektiv av det här slaget när man pratar om gener.