Just det ja, medan jag ändå håller på och håller låda, jag och Jesper lämnade in vårt slutprojekt i bioinformatikkursen. Du kan hitta hela projektet här. Jag måste säga att jag tycker det blev ganska coolt. Vet inte om biologer tycker att det är så imponerande, men i alla fall, vi lyckades hitta ett antal viktiga strukturer i influensa.
Det visar sig att Marcotte har för vana att dra med sitt labb på seminarier han tycker verkar intressanta. Den senaste veckan har jag varit på ett seminarium om hur cellkärnan påverkar strukturen för mänskliga celler (som jag knappt förstod ett jota av) och ett annat om datagruvdrift och biologi (vilket jag förstod lite mer av, men inte mycket där heller), plus två labbmöten där olika labbmedlemmar alltid håller lite små presentationer. Jag förstår knappt nått -- de pratar ju biologi -- men jag tror att vill jag lära mig något så är det här nog bästa sättet. Från och med nu ska jag alltid ha med mig ett block dock, så att jag kan skriva ner alla dessa ord jag inte förstår och kolla upp dem på Wikipedia.
Och så har jag löneförhandlat! Jag gav Marcotte en lapp med hur mycket matte ger mig i månaden, han räknade om det till årsbasis och konstaterade att han gav mer. Och matte är redan en av de institutioner som ger mest här på UT! Jag firar just nu med chokladkaka och te på JP's.
Jag har aldrig tidigare riktigt förstått mig på vad gener är för något. Enligt Wikipedia är en gen en enhet för information om ärftliga egenskaper, i allmänhet ett recept på ett protein skrivet med aminosyror. Inom biologi pratar man ofta även om Open Reading Frames (ORFs), som är strängar med aminosyror som börjar med en start-signal och slutar med ett stopp. De flesta ORFs kodar för ett visst protein, och borde därför vara detsamma som gener tyckte jag, eftersom gener tydligen ska vara den genetiska koden för ett protein. I viss mån är detta ett perspektiv som stämmer väl med det perspektiv många biologer har, förutom att man i sin definition av gen ibland inkluderar lite av krimskramset omkring ORFen, till exempel promotorsekvenser, som styr när och hur produktionen av proteinen går igång. Efter att ha läst några pek som Marcotte gav mig har jag dock börjat tvivla på att det paradigmet för gener är det bästa.
Marcottes pek pratar om nätverk av proteiner (dvs gener i någon mening, eftersom gener på något sätt är den abstraktion eller kod som ligger bakom proteiner), vilket jag babblat på om några gånger nu. Nätverket är ett probabilistiskt nätverk; det säger aldrig huruvida det är sant eller falskt att två proteiner verkar tillsammans. Istället ger det en sannolikhet för att dessa två proteiner samverkar, baserat på en samvägning av mängder av olika mätningar. Eftersom proteiner i olika organismer är besläktade med varandra, och vi kan uppskatta sannolikheten att två proteiner är besläktade genom att jämföra den genetiska kod som ger upphov till dem, kan vi översätta ett nätverk i en organism för att få ett nätverk i en annan, där tillförlitligheten i det nya nätverket beror på tillförlitligheten i det gamla och på hur nära besläktade organismerna är. Detta probabilistiska perspektiv på proteinlänkar tror jag även ger det bästa sättet att tolka gener på. Gener ska inte ses som konkreta strängar med data -- för det är ORFs ett bättre koncept -- utan ska i stället ses som abstraktioner på någon nivå för en typ av protein i cellen. Olika konkreta kodningar, ORFar och promotorregioner, är olika realisationer av gener, och en given gen ger olika realisationer med olika sannolikhet. En given gen kommer således ha olika realisationer i olika individer, på grund av mutationer etc, och även (ännu mer) olika realisationer i olika typer av organismer.
Jag har ingen aning om huruvida detta perspektiv är gammalt och grått i genetikernas värld, eller helt stick i stäv med gängse konventioner, eller ens om det är ett produktivt perspektiv i allmänhet, men det har i alla fall hjälpt mig att bättre förstå lite biologipek som jag skummat sista tiden. Det verkar som att det verkligen hjälper att ta någon typ av Platonskt grotta-perspektiv av det här slaget när man pratar om gener.
Joseph Stiglitz skrev en jätteintressant artikel om Kinas ekonomiska utmaningar, där han hävdar att de har mycket att vinna på ett annat system för immateriella rättigheter än det som råder i Väst, eftersom Västs system (enligt Stiglitz) ibland förhindrar innovation. Jag kan inte annat än hålla med, jag tror det vore fantastiskt bra för Kina med ett annat system för att uppmuntra uppfinnande än de förbaskade patent vi har här i Väst. Speciellt här i U.S.A. är det hemskt, man patenterar gener, algoritmer och recept huller om buller vilket leder till astronomiska samhällskostnader för bland annat medicin. Det måste finnas bättre sätt att uppmuntra nytänkande än patent, speciellt för ett land som Kina som har allt att vinna på att inte betala de skyhöga royaltykostnader som västerländska företag kräver.
Och nu borde jag återgå till att göra mina läxor ...
Förra torsdagen var en bemärkansvärd dag. Efter min bioinformatikkurs så kom jag -- som nästan varje gång -- i samspråk med professorn, Edward Marcotte. Han frågade lite om vad jag jobbade med och vilket labb jag tillhörde och jag svarade att jag nog inte tillhörde något labb ännu, utan fortfarande letade. Hux flux fick jag då ett erbjudande om att gå med i Marcottes labb. Marcotte är den klipskaste professor jag har läst en kurs för på länge, och förra veckan började jag på allvar läsa hans papers för att vara väl förberedd när jag frågade honom om han hade nån plats över i sitt labb och så frågar han mig om jag vill gå med. Klart jag vill!
Jag togs med till labbet, introducerades för alla och fick en bunt med papers att läsa, om den typen av proteinnätverk som jag pratat om tidigare, samt bjöds in till fredagens labbmöte. Labbmötet var helt otroligt bra, med en konstant dialog om forskning där alla verkade riktigt avspända. Jag är helt såld.
Imorse besökte jag dr. Aung, en ung och artig burmesisk neurolog, för att få mitt anfall av fallandesot förra söndagen ordentligt diagnosticerat. Diagnosen är inte riktigt klar ännu, jag ska undergå MRI ikväll och EEG imorgon bitti, men han var ganska säker på att det inte var epilepsi, utan just en ovanligt elakartad svimning vilket ledde till ett isolerat anfall. Enligt Wikipedia så får ungefär en av tio i övrigt friska människor ett isolerat anfall någon gång under sitt liv, och de kan provoceras av till exempel sömnbrist, alkoholabstinens, slag mot huvudet, etc. Eftersom jag sov dåligt natten innan anfallet och enligt doktorn på akuten var alldeles dehydrerad synes mig detta vara en alldeles rimlig diagnos.
Så, dr. Aungs teori lyder som följer: Av någon anledning, antagligen uttorkning, så fick min arma hjärna för lite blod där jag satt i min stol på cafét. Precis som när man reser sig för fort blev jag yr av detta och kände lite andnöd och yrsel, och när det inte blev bättre så tappade jag medvetandet. Normalt när detta händer så faller man, och när kroppen då hamnar i horisontellt läge så rinner blod till hjärnan och man blir bra igen. Icke så denna gång. Eftersom jag satt i min bekväma caféfåtölj så föll mitt huvud bara bakåt och inget nytt blod nådde min hjärna. Efter en kort tids fortsatt syrebrist så började min anoxic seizure, dvs mitt av syrebrist framtvingade anfall. De snälla människorna på cafét höll då i mitt huvud så att jag inte skulle slå i det, vilket höll kvar det i i stolen så högt upp som möjligt. Hursomhelst så återfick jag efter ett tag medvetandet och verkar nu vara vid god vigör. Efter att resultaten från MRI:n och EEG:n kommit in så bör jag dock ta kontakt med en kardiolog och kolla mitt hjärta, eftersom det var lite bekymmersamt att jag svimmade sittandes. Det är mest en säkerhetsåtgärd dock, och inget att oroa sig för i onödan. Svimning är ganska vanligt hos långa och spinkiga personer, och även om jag är smäcker snarare än spinkig är det väl nära nog ...
Och trots att Texas rekommenderar att personer som haft anfall inte kör bil på sex månader tyckte dr. Aung att mitt anfall var ett sånt typexempel på engångsanfall så att om jag bara ser till att dricka vatten så borde det inte vara några problem att jag kör varthelst jag vill -- till Cindy's stora glädje eftersom hon nu inte behöver agera chaufför åt mig närhelst vi ska någonstans.
Kursen i bioinformatik som jag tar är nog det intressantaste jag har läst på länge. Sällan har jag i en och samma föreläsning lärt mig tekniker som kan döda både jäst, Internet och vänkretsar på i princip samma sätt. Det visar sig nämligen att alla dessa tre saker kan beskrivas som nätverk av samma typ, så kallade scale invariant graphs. Det som är gemensamt för dem är att de typ ser likadana ut oavsett vilken skala de har, och att vissa noder i nätverken är förbundna med ohyggligt många andra noder. Det kan vara en superserver för Internet, en jättepoppis person i ett kompisnätverk eller ett central protein i jäst. Fördelen med såna skalinvarianta nätverk är att de är väldigt robusta -- om ett antal slumpvisa noder slås ut (internetservrar, kompisar, proteiner) så funkar nätverket fortfarande alldeles, men om ett antal nyckelnoder försvinner så kollapsar det. Det är därför de flesta av mina kompisar därhemma fortfarande pratar med varandra, trots att jag inte är i Sverige. Eftersom jag inte är en nyckelnod. Det känns både bra och dåligt antar jag ...
Så i söndags var jag på akutmottagningen på St. Davids sjukhus här i Austin. Hade ett epilepsi/svimmningsanfall, vad det nu var, och fick åka plingplongtaxi till sjukan. Väl där möts man av skyltar överallt som sägar att "även om det är sjukhusets skyldighet att ta emot patienter till akutmottagningen oavsett deras betalningsförmåga så måste ändå alla som förmår betala", samt att "läkare på St. Davids sjukhus är privata entreprenörer, och inte anställda av sjukhuset, så deras avgifter tillkommer därför utöver de avgifter som sjukhuset kräver". Så går det om man inte har allmän sjukvård antar jag. Varje gång jag kommer i kontakt med sjukvård i Amerika så blir jag förvisso imponerad över hur bra finansierad den är, hur korta väntetiderna är, osv, men varje gång man blir påmind om att enda anledningen till att jag har tillgång till denna fantastiska läkarvård är för att jag har en bra försäkring så blir jag lite skrämd. Vad händer om min försäkring inte täcker ditten eller datten? Blir jag skyldig tusentals daler då? Ussuss. Läskigt system de har. En allmän sjukförsäkring är något vi svenskar ska vara lyckliga över och värna.
Så är jag nu återkommen från Bloomington, Indiana, där jag fäktades för Sverige och Texas. Efter att ha blivit seedad tia efter gruppspelet vann vi vår första utslagningsmatch på lördagen och förlorade sen vår andra på söndagen vilket placerade oss mellan plats nio och sexton. Därefter fäktade vi några matcher för att bestämma vår exakta plats, vann en, förlorade en och vann sen den sista. Elfte plats alltså. Jag är inte helt nöjd, men det var faktiskt bättre än vad jag hade väntat mig, vilket är skoj.
